Цитата: В договоре не прописано куда перечисляют деньги за оплату. Просто арендатор оплачивает и все.
А откуда арендатор знает реквизиты, по которым оплачивать?
Цитата: Может ли арендодатель письмом как-то уведомить арендатора куда и как перечислять деньги?
Может, если это не противоречит договору.
Цитата: И может ли он при этом указать р/с своего ИП?
Может указать любой счёт.
Цитата: Нет, налог ООО (как агент) пока не удержали. Если оплата на р/с ИП будет тоже нужно ндфл удерживать (по поводу НДФЛ в договоре нет указаний?
Если договор заключён с физическим лицом, вы обязаны были удержать НДФЛ при перечислении средств. В договоре это и не указывается, это требование законодательства, которое не может быть изменено договором (п. 4 ст. 226 НК РФ). Куда, на какой счёт перечисляются деньги, значения не имеет - хоть третьему лицу по распоряжению арендодателя.
Цитата: ЗЫ: ФЛ сдает в аренду ООО грузовой автомобиль.
Тогда по какой причине договор заключён с физическим лицом, не с ИП?
В таком случае целесообразнее внести изменения в договор и указать, что арендодатель - ИП. Тогда и НДФЛ удерживать не придётся.